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「第十二代景行天皇の御代、日本武尊（やまとたけるのみこと）が東夷征伐の為、上野忍が岡をお通りになられた時、薬祖神（上記の二柱）の大神に御加護を頂いた事を感謝なされて、この地に両神をおまつりなされました（約１８９０年前）。」とのこと…古そう。
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「相殿におまつりしてある菅原道真公は、寛永十八年（約三百五十年前）に合祀され、歌の道の祖神として俗称下谷天満宮とも云われた。
社地は御創祀以来、天神山（今の摺鉢山）瀬川屋敷（アメヤ横丁入口）他、幾度か変遷を重ね、昭和三年九月に御創祀の地に最も近い現地に御遷座になった。」

祭礼は、5月25日。三年に一度、大神輿の渡御がある。2010年は鎮座1900年を記念して御巡幸があり、2011年の渡御を繰り上げての大祭となったため、次回の渡御は2014年を予定。氏子内（上野公園から上野広小路一帯） を鳳輦と共に、天狗や巫女舞などの大行列が行われる。

毎年６月末日と１２月末日の年２回、「大祓式」が行われ、茅の輪くぐりが社殿前に設置される。
毎月１０日には、「医薬祭（病気平癒のご祈祷）」が行われる。